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 藻類的主要功能是光合作用，兼具吸收營養、轉化能量等。杭州迅數公司研發的藻類分類計數儀能快速實現藻類清晰成像，取代人工鏡檢計數，提高工作效率和準確性，輔助藻類知識不足者來學習和判斷藻類的可能門類屬種。根據目前藻類分類計數儀工作人員分析藻類監測主要有在線監測和人工鏡檢兩種方法。
在線監測：藍藻、綠藻、硅藻等常見藻類含有葉綠素a，在一定波長的激發光作用下產生熒光，通過熒光檢測儀器收集熒光信號，計算熒光值，利用熒光信號與葉綠素a濃度之間的比例關系，根據熒光反應特性的不同，區分各種藻類并間接測定水體中葉綠素a濃度、藻密度等參數。此種方法采用原位監測，快速簡便，但測定數據受溫度、光照強度、鹽度、水體深度等多種環境因素影響;對藻類監測只能達到門，不能具體到屬種，無法找出優勢種，監測結果存在較大偏差。
人工鏡檢：采集水樣，然后預處理，將水樣滴加到細胞計數框上，制片，在顯微鏡下對100個視野中的藻類進行分類計數，判定優勢種，計算藻密度。人工鏡檢方法可以對藻類進行直接觀察計數并鑒定到屬種，但不能進行原位檢測，用時較長，容易產生視覺疲勞，人為判定也存在一些誤差，同時需要操作者具有一定的藻類分類學知識和經驗。而我國藻類監測起步較晚，基礎薄弱，國內只有少數研究機構從事藻類監測工作，研究人員水平參差不齊，藻類監測領域人才嚴重短缺。